Wie man ein dipeptid an einem bestimmten ph-wert zeichnet

Dieser Anleitung bietet eine Einführung in Definitionen, basische Aminosäuren und ein Beispiel, um ein Dipeptid zu zeichnen. Ein Dipeptid besteht aus zwei Aminosäureresten, während Polypeptide aus mehr als zwei bestehen. Diese Strukturen sind wichtig, weil sie helfen, Proteine ​​im Körper auszubauen und auch Rollen in Reaktionsmechanismen zu haben. Durch das Zeichnen der Backbone- und Funktionsgruppen werden detaillierte Schritte erfahren, um zu erfahren, wie diese Gruppen basierend auf einem bestimmten pH-Wert, einer Skala, um Säuregehalt oder Basizität einer Lösung zu messen. Wenn Sie wissen, wie die Struktur unter bestimmten Bedingungen aussehen wird, wird dies den Schülern ein besseres Verständnis dafür geben, wie sie in Reaktionen verwendet werden. Dies bedeutet auch bei der Zeichnung von Peptiden, die aus mehr als zwei Aminosäuren bestehen.

Schritte

Teil 1 von 3:
Lernende Definitionen und Grundstrukturen.
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1. Kennen Sie die grundlegenden Definitionen. Ein Dipeptid ist eine organische Verbindung, die aus zwei Aminosäuren besteht. Es verfügt über zwei Komponenten, ein Rückgrat und angehängte funktionelle Gruppen.
  • 2. Erlernen Sie die 20 basischen Aminosäuren. Die 20 Aminosäuren finden Sie über eine Internetsuche. Erfahren Sie ihre Strukturen, ihre Drei-Buchstaben-Abkürzungen und ihre funktionellen Gruppen, die später zum Ersetzen der "R" In der Grundstruktur.
    • Teil 2 von 3:
    Das grundlegende Dipeptid zeichnen
    1. Zeichne eine einzige Aminosäure. Jedes Amino beginnt mit einem Aminende (NH3 +) und einem Carbonyl-Ende (COO-). Beginnen Sie mit dem Aminende, schreiben Sie "NH3+" Zeichnen Sie von dort eine Zeile nach rechts, wodurch ein Punkt namens C1 erstellt, um Kohlenstoff 1 darzustellen. Zeichnen Sie dann von C1 eine Zeile nach unten und rechts, um einen anderen Punkt namens C2 zu erstellen. Schließlich zeichnen Sie von C2 eine Zeile nach rechts und am Ende der Leitung schreiben "Ö-". Bei C1 Zeichnen Sie eine Linie direkt auf und schreiben Sie "R" um eine funktionelle Gruppe darzustellen, die später ersetzt wird. An der C2 ziehen Sie zwei Linien direkt herunter und schreiben Sie "Ö". Dies schließt eine Zeichnung einer einzelnen Aminosäure ab.
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    2. Verbinden Sie zwei Aminosäuren. Um ein Dipeptid zu erzeugen, müssen die einzelnen Aminosäuren angeschlossen sein. Starten Sie die Zeichnung erneut, wie im vorherigen Schritt angegeben, aber bei c2, ziehen Sie die Zeile nach rechts und schreiben "Nh" am ende statt "Ö". Zeichnen Sie von dort eine Linie nach unten und rechts, um einen Punkt namens C3 zu erstellen. Bei C3 erstellt eine Zeile auf das Recht, einen Punkt namens c4 zu erstellen. Schließlich wird eine Linie nach rechts und am Ende des Leitungsschreibens heruntergezogen "Ö-". Zeichnen Sie bei C3 eine Linie direkt nach unten und schreiben Sie "R" , was später durch eine funktionale Gruppe ersetzt wird. Zeichnen Sie bei C4 zwei Linien direkt auf und schreiben Sie "Ö" Am Ende. Dies schließt eine Zeichnung eines grundlegenden Dipeptids ab.
    • Teil 3 von 3:
    Hinzufügen der funktionalen Gruppen
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    1. Schauen Sie sich die Drei-Buchstaben-Abkürzung an und wählen Sie die richtige Aminosäure. Zum Beispiel wird das Dipeptid-Tyrys als Beispiel verwendet. Die richtigen Aminosäuren werden unten gezogen.
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    2. Ersetzen "R" mit den funktionellen Aminosäuren. Bei C1 wird die funktionelle Gruppe von Tyr gezogen, um sie zu ersetzen "R". Bei C3 wird die funktionelle Gruppe von Lys zum Ersetzen gezogen "R".
  • 3. Wissen, wie pH endet endet und funktionelle Gruppen. Basierend auf dem pH-Wert ist ein Dipeptid und der relative PKein Werte, dh dies bestimmt, ob das Aminende, Carbonylende und bestimmte funktionelle Gruppen protoniert sind (H hinzugefügt) oder deprotoniert (H weggenommen).

    • Wenn Ph< pkein, Dann ist es protoniert. Wenn Ph>pkein, Dann ist es deprotoniert. Ein Tisch der Aminosäure Pkein Werte werden angezeigt, aber der Fokus liegt auf der PKein der in rot angegebenen Seitenketten.

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      1. Alter Enden basierend auf einem bestimmten pH-Wert. Der pH-Wert in diesem Beispiel ist ein pH-Wert von 7. Für das Aminende, die PKein wird immer 9 sein. Da Phein, Das Aminende ist protoniert und bleibt NH3 + (falls deprotoniert, wird es NH2 sein). Für das Carbonyl-Ende die PKein wird immer 3 sein. Da Ph>pkein, Das Carbonyl-Ende ist deprotoniert und bleibt o- (falls protoniert wird es oh).
    2. 2. Ändern Sie funktionelle Gruppen basierend auf einem bestimmten pH-Wert. Es werden nur saure und basische Seitenketten sowie die polaren Aminosäuren Cystein und Tyrosin verändert. In Teil 3 finden Sie in der Tabelle, Schritt 3.

    PKA von Tyr = 10.07, der pH-Wertein Es wird also protoniert und bleiben oh (wenn deprotoniert, wird es o-).Pka von lys = 10.79, der pH-Wertein, Es ist protoniert, sodass NH3 + (falls deprotoniert ist, dass er NH2 sein wird).

    Schließlich haben Sie eine Zeichnung eines Dipeptids an einem bestimmten pH-Wert abgeschlossen.

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