So ermitteln sie den gc-inhalt einer dna-sequenz

Der Guanin-Cytosin-Inhalt oder der GC-Gehalt einer DNA-Sequenz zeigt den Prozentsatz von Nukleotid-Basen-Paaren an, in der Guanine an Cytosin gebunden ist. DNA mit einem höheren GC-Gehalt wird schwieriger, auseinander zu brechen.

Schritte

Methode 1 von 2:
Von Hand
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1. Spuren durch die Sequenz und die Anzahl der Anzahl der Zytosin (C) oder Guanin (g) Nukleotide.
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    2. Teilen Sie die Anzahl der Cytosin- und Guanine-Nukleotide durch die Gesamtzahl der Basenpaare in der Reihenfolge.
    • Methode 2 von 2:
    Programmgesteuert (Python 2)
    1. Bildtitel 7114843 3
    1. Erstellen oder akzeptieren Sie eine Eingabedatei. Dieser Artikel geht davon aus, dass der Eingang in ist Fasta Format mit einer einzigen Reihenfolge pro Datei.
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    2. In der Datei lesen. Für das FASTA-Format:
  • Verwerfen Sie die erste Zeile der Datei.
  • Entfernen Sie alle verbleibenden Newlines und anderen nachlaufenden Whitespace.
    • def init (sequenz): mit offen (argv [1]) als eingegebene: sequenz = "".Join ([Zeile).Strip () für die Zeile in der Eingabe.Readlines () [1:]]) Rückgabesequenz
  • Bildtitel 7114843 5
    3. Einen Zähler erstellen. Durch die Daten durch die Daten und inkrementieren Sie Ihren Zähler, während Sie auf Guanine- oder Cytosin-Nukleotide stoßen.
    • 4
    Def GCContent (Sequenz): GCCount = 0FOR-Buchstabe in der Reihenfolge: Wenn Buchstabe == "G" oder brief == "C": Gccount + = 1return gccount
  • Bildtitel 7114843 6
    5. Teilen Sie die GC-Zählung durch die Gesamtlänge der Sequenz und geben Sie das Ergebnis in Prozentformat aus.
    • 6
    Def Main (): Skript, Input = Argvsequence = ""sequence = init (sequenz) drucken "%.2f" % (Float (GCContent (Sequenz)) / Len (Sequenz))

    Tipps

    Wenn Sie den GC-Inhalt von Hand berechnen, sollten Sie unbedingt überprüfen! Es kann leicht zu benehmen, insbesondere wenn Sie eine lange Sequenz auf Papier analysieren.
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