So finden sie die umgekehrte ergänzung einer dna-sequenz

Die umgekehrte Ergänzung einer DNA-Sequenz bedeutet den Inhalt des gegenüberliegenden Strangs in einem DNA-Molekül. DNA-Moleküle sind als solcher aufgebaut, da jedes Nukleotid ein komplementäres Nukleotid auf dem anderen Strang aufweist, an dem eine nicht-kovalente Bindung besteht.

Schritte

Methode 1 von 2:
Von Hand
  1. Bildtitel 7115146 1
1. Trace durch die Sequenz rückwärts, ab dem letzten Nukleotid in der Reihenfolge.
  • Bildtitel 7115146 2
    2. Wenn Sie jedes Nukleotid übergehen, fügen Sie das komplementäre Nukleotid in die nächste Zeile hinzu, beginnt die ergänzte Zeichenfolge von der linken Seite der Seite. Denken Sie daran, dass Guanin (g) Anleihen an Cytosin (C) und Adenin (a) Bindungen an Thymin (t).
    • Methode 2 von 2:
    Programmgesteuert (Python 2)
    1. Bildtitel 7115146 3
    1. Erstellen oder akzeptieren Sie eine Eingabedatei. Dieser Artikel geht davon aus, dass der Eingang in ist Fasta Format mit einer einzigen Reihenfolge pro Datei. Die folgenden Schritte gehen davon aus, dass alle Nukleotide ATGC-Basen sind.
  • Bildtitel 7115146 4
    2. In der Datei lesen. Für das FASTA-Format:
  • Verwerfen Sie die erste Zeile der Datei.
  • Entfernen Sie alle verbleibenden Newlines und anderen nachlaufenden Whitespace.
    • def init (sequenz): mit offen (argv [1]) als eingegebene: sequenz = "".Join ([Zeile).Strip () für die Zeile in der Eingabe.Readlines () [1:]]) Rückgabesequenz
  • Bildtitel 7115146 5
    3. Erstellen Sie eine Hash-Tabelle, die jedes Nukleotid an seine Ergänzung kennt.
    ergänzen = {`a`: `t`, `c`: `g`, `g`: `c`, `t`: `a`}
  • Bildtitel 7115146 6
    4. Durch die Sequenz, und verwenden Sie eine Hash-Tabellensuche, um die komplementäre Sequenz aufzubauen. Den resultierenden Vektor umkehren.
    Def Reverse_Complement (SEQ): Basen = [Ergänzung [Base] für Basis in SEQ] Basen = Umkehrung (Basen) Rücklaufbasis
  • Bildtitel 7115146 7
    5. Drucken Sie den Inhalt des Vektors.Hat
    Ergebnis = Reverse_Complement (SEQ) Print ``.Join (Ergebnis)

    • Tipps

    Wenn Sie die umgekehrte Ergänzung von Hand berechnen, sollten Sie unbedingt überprüfen! Es kann leicht sein, ein Basispaar zu verpassen oder die falsche Ergänzung zu verwenden, insbesondere wenn Sie eine lange Sequenz auf Papier lesen.
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